个人简历

陈玲玲教授，博士，博士生导师

邮箱：llchen@gxu.edu.cn

研究方向： 生物信息学

个人简介：

国家级人才。2004年6月在天津大学获博士学位，1999年至2008年在山东理工大学工作，2009年2月至2020年3月分别在华中农业大学生命科学技术学院及信息学院工作。目前兼任国际期刊Front. Plant Sci.的Plant Bioinformatics栏目主编，Curr. Bioinform.编委，国内核心期刊《基因组学与应用生物学》执行主编。

科研成果：

从事生物信息学领域的研究工作，主要包括植物及微生物基因组组装注释、转录组分析、代谢及蛋白质相互作用网络构建等研究方向。课题组开发了植物CRISPR-P系列工具，是目前国际上通用的植物单链导向RNA设计工具。作为生物信息负责人参与了多种作物及园艺植物基因组解析，构建了多种作物及病原微生物代谢网络及蛋白相互作用网络，构建了多种植物多组学生物信息数据库。近年来以通讯或第一作者（含并列）在Nat. Genetics、Nat. Plants、Nat. Commun.、Mol. Plant、Genome Biol.、Sci. Advances、PNAS、Nucleic Acids Res、Plant Biotechnol. J、Plant J、Bioinformatics等国际权威及知名杂志发表SCI论文50余篇。

科研项目：

1. 十三五重点研发计划（2016.7-2021.6）水稻功能基因组研究与应用课题四（2016YFD0100904）882.3万，主持，在研

2. 十三五重点研发计划（2018.7-2022.12）多年生园艺作物无性系变异和繁殖的基础与调控（2018YFD1000101）75万，核心成员，在研

3. 国家自然科学基金面上项目（2019.1-2022.12），利用核糖体印记识别可翻译的水稻短开放阅读框及初步功能研究（31871269），直接经费59万元，主持，在研

4. 国家万人计划科技创新领军人才（2018.1-2020.12）80万，主持，结题

5. 国家自然科学基金面上项目（2016.1-2019.12），水稻微外显子基因的系统发掘、表达进化及初步功能研究（31571351），直接经费65万元，主持，结题

代表性论文：

1. Xu Q#, Chen LL#, Ruan X #, et al. The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis). Nat. Genetics, 2013, 45: 59-66. (并列一作)

2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al. Eight high-quality reference genomes provide insights into pan-genome architecture and ecotype differentiation of Brassica napus. Nature Plants, 2020, 6(1): 34‐45. (并列通讯)

3. Zhang Q, Hu J, Feng JW, et al. Influenza infection elicits an expansion of gut population of endogenous Bifidobacterium animalis which protects mice against infection. Genome Biol. 2020, 21(1): 99. (并列通讯)

4. Sturtevant D, Lu S, Zhou ZW, et al. The genome of jojoba (Simmondsia chinensis): a taxonomically-isolated species that directs wax-ester accumulation in its seeds. Science Advances, 2020, 6(11): eaay3240. (并列通讯)

5. Yang N, Xu XW, Wang RR, et al. Contributions of Zea mays subspecies mexicana haplotypes to modern maize. Nat. Commun., 2017, 8(1): 1874. (并列通讯)

6. Chen D, Fu LY, Zhang Z, Li G, Zhang H, Jiang L, Harrison AP, Shanahan HP, Klukas C, Zhang HY, Ruan Y*, Chen LL*, Chen M*. Dissecting the chromatin interactome of microRNA genes. Nucleic Acids Res., 2014, 42: 3028-3043. (并列通讯)

7. Chen D, Yuan C, Zhang J, Zhang Z, Bai L, Meng Y, Chen LL*, Chen M*. PlantNATsDB: a comprehensive database of plant natural antisense transcripts. Nucleic Acids Res., 2012, 40: D1187-1193. (并列通讯)

8. Song JM, Lei Y, Shu CC, Ding Y, Xing F, Liu H, Wang J, Xie W, Zhang J*, Chen LL*. Rice Information GateWay: a comprehensive boinformatics platform for indica rice genomes. Mol. Plant, 2018, 11(3): 505-507. (并列通讯)

9. Liu H, Ding Y, Zhou Y, Jin W, Xie K*, Chen LL*. CRISPR-P 2.0: An Improved CRISPR-Cas9 Tool for Genome Editing in Plants. Mol. Plant, 2017, 10: 530-532. (并列通讯)

10. Lei Y, Lu L, Liu HY, Li S, Xing F, Chen LL*. CRISPR-P: A Web Tool for Synthetic Single-Guide RNA Design of CRISPR-System in Plants. Mol. Plant, 2014, 7(9): 1494-1496. (唯一通讯)

11. Zhang J#, Chen LL#, Xing F#, et al. Extensive sequence divergence between the reference genomes of two elite indica rice varieties Zhenshan 97 and Minghui 63. Proc Nat Acad. Sci. USA, 2016, 113: E5163-5171. (并列一作)

12. Feng JW, Huang S, Guo YX, Liu D, Song JM, Gao J, Li H*, Chen LL*. Plant ISOform sequencing database (PISO): a comprehensive repertory of full-length transcripts in plants. Plant Biotechnol J., 2019, 17(6): 1001-1003. (并列通讯)

科研奖励：

1. 柑橘基因组及重要农艺性状基因挖掘，华耐园艺科技奖，2018年，徐强 邓秀新 叶俊丽 徐娟 陈玲玲 潘志勇 曾云流 谢宗周 程运江 陈春丽 柴利军

2. 甜橙基因组及果实色泽品质形成机制，教育部自然科学一等奖，2018年，徐强 邓秀新 叶俊丽 徐娟 陈玲玲 潘志勇 曾云流 程运江 陈春丽 柴利军