2023年9月22日，亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室夏瑞团队在 Molecular Plant （IF=27.5)在线发表了题为 TBtools-II: A "One for All, All for One" Bioinformatics Platform for Biological Big-data Mining 的研究论文，系统介绍和描述 TBtools 的新版本，即 TBtools-II。TBtools-II 在 TBtools-I 的基础上优化并新增了100+个功能，开发了插件（Plugin）模式并架设了插件仓库（Plugin Store）。基于此，解决了软件功能全面性与灵活性的主要冲突。

（论文链接：https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(23)00281-2）

为辅助更多植物科学家处理生物大数据，TBtools-I 应运而生，并于2020年08月发表于 Molecular Plant 期刊（Chen et al., 2020），截止目前引用＞5000次。过去三年，随着植物生物信息领域的发展和个性化需求的增加，软件用户群个体持续增长，TBtools-Ⅰ已用的功能和模式无法良好应对。因此，TBtools-II 提出“我为人人，人人为我”的开发新理念，插件商店（Plugin Store）也应运而生；突破团队的课题限制，通过提供简便的插件开发接口，使用户可以直接依据自己的需求，灵活的开发使用插件并分享，成为TBtools-Ⅱ的创作者之一。当前，TBtools 插件商店中已有 94 个插件，超过半数为 TBtools 用户开发，功能覆盖了生物文本处理和数据可视化等。

亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室夏瑞教授和陈程杰讲师为论文的通讯作者，陈程杰讲师为论文第一作者；TBtools项目组（吴亚、曾灶海、徐婧、刘元龙副教授、何业华教授），暨南大学李嘉威博士，河南大学王骁博士，中国热带科学院生物所冯筠庭博士以及湖南农业大学陈浩博士参与了软件优化建议、开发测试等工作。论文工作得到广东省重点研发、国家自然科学基金、国家重点研发等项目支持。