三代Pacbio和Nanopore测序技术的快速发展推动了比较基因组学领域的进步，泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。其中，共线性分析是比较基因组学的重要组成部分，主要用于描述同一染色体上基因的位置关系。同时随着泛基因组的快速发展，越来越多基因组间结构变异的积累被发现。然而目前快速识别基因组共线性和遗传结构变异的工具仍然匮乏。因此，开发简单易用的可视化工具快速比较不同基因组之间遗传变异对揭示物种遗传多样性具有重要意义。

       2022年4月15日，Journal of Genetics and Genomics在线发表广西大学陈玲玲教授/宋佳明副教授团队题为“GenomeSyn: a bioinformatics tool for visualizing genome synteny and structural variations”的研究论文。该研究开发了一种用于基因组共线性构建和可视化的生物信息学工具，方便基因组共线性和结构变异区域的鉴定分析，为泛基因组下游分析提供了新工具。

https://doi.org/10.1016/j.jgg.2022.03.013

      为适应DNA测序和泛基因组学的发展，该研究基于Perl和Python等计算机编程语言，开发出可用于不同物种基因组共线性和结构变异分析的泛基因组下游分析工具GenomeSyn。随后使用公共数据库中水稻、高粱、大豆、人类和黑猩猩等物种的多个基因组数据进行测试，对基因组共线性和遗传型结构变异进行快速鉴定和可视化。结果显示，GenomeSyn可通过自定义矢量图精确显示和定位基因组共线性及结构变异信息，帮助研究人员快速高效地获得更直观的共线性分析结果，为比较基因组学的研究提供重要辅助。此外，除基于Linux的可扩展源码软件外，该研究还为多个操作系统平台(包括Windows、MacOS和CnetOS)提供免安装的UI版本，使用便捷，分析步骤简单，有利于更多用户理解和参与泛基因组学研究。详情可见网站https://cbi.gxu.edu.cn/GenomeSyn/。

GenomeSyn用于基因组共线性和结构变异可视化

      广西大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室/生命科学与技术学院硕士生周祖文、于智光和黄小明为该论文共同第一作者。宋佳明副教授和陈玲玲教授为共同通讯作者。相关工作得到国家自然科学基金、湖北省自然科学基金和广西大学高层次人才启动研究基金等资助。（文/周祖文）

引用本文：Zu-Wen Zhou, Zhi-Guang Yu, Xiao-Ming Huang, Jin-Shen Liu, Yi-Xiong Guo, Ling-Ling Chen, Jia-Ming Song. (2022). GenomeSyn: a bioinformatics tool for visualizing genome synteny and structural variations. Journal of Genetics and Genomics.

DOI: 10.1016/j.jgg.2022.03.013