陈玲玲

2021年06月28日 16:47  点击:[]


 

个人简历

陈玲玲教授,博士,博士生导师

邮箱:llchen@gxu.edu.cn

研究方向: 生物信息学


个人简介:

国家万人计划科技创新领军人才(2018年),国务院政府特殊津贴获得者(2018年),2004年6月在天津大学获博士学位,1999年至2008年在山东理工大学工作,2009年2月至2020年3月分别在华中农业大学生命科学技术学院及信息学院工作。目前兼任国际期刊Front. Plant Sci.的Plant Bioinformatics栏目主编,Curr. Bioinform.编委,国内核心期刊《基因组学与应用生物学》执行主编。

 

科研成果:

从事生物信息学领域的研究工作,主要包括植物及微生物基因组组装注释、转录组分析、代谢及蛋白质相互作用网络构建等研究方向。课题组开发了植物CRISPR-P系列工具,是目前国际上通用的植物单链导向RNA设计工具。作为生物信息负责人参与了多种作物及园艺植物基因组解析,构建了多种作物及病原微生物代谢网络及蛋白相互作用网络,构建了多种植物多组学生物信息数据库。近年来以通讯或第一作者(含并列)在Nat. Genetics、Nat. Plants、Nat. Commun.、Mol. Plant、Genome Biol.、Sci. Advances、PNAS、Nucleic Acids Res、Plant Biotechnol. J、Plant J、Bioinformatics等国际权威及知名杂志发表SCI论文50余篇。

 

科研项目:

  1. 十三五重点研发计划(2016.7-2021.6)水稻功能基因组研究与应用课题四(2016YFD0100904)882.3万,主持,在研

  2. 十三五重点研发计划(2018.7-2022.12)多年生园艺作物无性系变异和繁殖的基础与调控(2018YFD1000101)75万,核心成员,在研

  3. 国家自然科学基金面上项目(2019.1-2022.12),利用核糖体印记识别可翻译的水稻短开放阅读框及初步功能研究(31871269),直接经费59万元,主持,在研

  4. 国家万人计划科技创新领军人才(2018.1-2020.12)80万,主持,结题

  5. 国家自然科学基金面上项目(2016.1-2019.12),水稻微外显子基因的系统发掘、表达进化及初步功能研究(31571351),直接经费65万元,主持,结题


代表性论文:

  1. Xu Q#, Chen LL#, Ruan X #, et al. The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis). Nat. Genetics, 2013, 45: 59-66. (并列一作)

  2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al. Eight high-quality reference genomes provide insights into pan-genome architecture and ecotype differentiation of Brassica napus. Nature Plants, 2020, 6(1): 34‐45. (并列通讯)

  3. Zhang Q, Hu J, Feng JW, et al. Influenza infection elicits an expansion of gut population of endogenous Bifidobacterium animalis which protects mice against infection. Genome Biol. 2020, 21(1): 99. (并列通讯)

  4. Sturtevant D, Lu S, Zhou ZW, et al. The genome of jojoba (Simmondsia chinensis): a taxonomically-isolated species that directs wax-ester accumulation in its seeds. Science Advances, 2020, 6(11): eaay3240. (并列通讯)

  5. Yang N, Xu XW, Wang RR, et al. Contributions of Zea mays subspecies mexicana haplotypes to modern maize. Nat. Commun., 2017, 8(1): 1874. (并列通讯)

  6. Chen D, Fu LY, Zhang Z, Li G, Zhang H, Jiang L, Harrison AP, Shanahan HP, Klukas C, Zhang HY, Ruan Y*, Chen LL*, Chen M*. Dissecting the chromatin interactome of microRNA genes. Nucleic Acids Res., 2014, 42: 3028-3043. (并列通讯)

  7. Chen D, Yuan C, Zhang J, Zhang Z, Bai L, Meng Y, Chen LL*, Chen M*. PlantNATsDB: a comprehensive database of plant natural antisense transcripts. Nucleic Acids Res., 2012, 40: D1187-1193. (并列通讯)

  8. Song JM, Lei Y, Shu CC, Ding Y, Xing F, Liu H, Wang J, Xie W, Zhang J*, Chen LL*. Rice Information GateWay: a comprehensive boinformatics platform for indica rice genomes. Mol. Plant, 2018, 11(3): 505-507. (并列通讯)

  9. Liu H, Ding Y, Zhou Y, Jin W, Xie K*, Chen LL*. CRISPR-P 2.0: An Improved CRISPR-Cas9 Tool for Genome Editing in Plants. Mol. Plant, 2017, 10: 530-532. (并列通讯)

  10. Lei Y, Lu L, Liu HY, Li S, Xing F, Chen LL*. CRISPR-P: A Web Tool for Synthetic Single-Guide RNA Design of CRISPR-System in Plants. Mol. Plant, 2014, 7(9): 1494-1496. (唯一通讯)

  11. Zhang J#, Chen LL#, Xing F#, et al. Extensive sequence divergence between the reference genomes of two elite indica rice varieties Zhenshan 97 and Minghui 63. Proc Nat Acad. Sci. USA, 2016, 113: E5163-5171. (并列一作)

  12. Feng JW, Huang S, Guo YX, Liu D, Song JM, Gao J, Li H*, Chen LL*. Plant ISOform sequencing database (PISO): a comprehensive repertory of full-length transcripts in plants. Plant Biotechnol J., 2019, 17(6): 1001-1003. (并列通讯)


科研奖励:

  1. 柑橘基因组及重要农艺性状基因挖掘,华耐园艺科技奖,2018年,徐强 邓秀新 叶俊丽 徐娟 陈玲玲 潘志勇 曾云流 谢宗周 程运江 陈春丽 柴利军

  2. 甜橙基因组及果实色泽品质形成机制,教育部自然科学一等奖,2018年,徐强 邓秀新 叶俊丽 徐娟 陈玲玲 潘志勇 曾云流 程运江 陈春丽 柴利军

     

 



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